2 августа 1941 года народный комиссар Военно-Морского Флота адмирал Николай Герасимович Кузнецов подписал приказ о формировании Беломорской военной флотилии (БВФ) с главной базой в Архангельске. Созданная в труднейшие дни Великой Отечественной войны, флотилия была призвана защищать коммуникации в Белом море, восточной части Баренцева моря и в Арктике.

Первым командующим флотилией стал контр-адмирал Михаил Михайлович Долинин. Он руководил БВФ с 4 августа по 7 октября 1941 года. Впоследствии флотилию возглавляли вице-адмиралы Г. А. Степанов, С. Г. Кучеров и Ю. А. Пантелеев.

Для обороны проливов Карские Ворота и Югорский Шар, портов и полярных станций в конце августа 1941 года в составе флотилии был создан Северный отряд. Его базами стали посёлки Амдерма и Диксон. В состав отряда, помимо сторожевых кораблей и береговых батарей, входили авиагруппа и отряд ледоколов. В 1942 году была сформирована Новоземельская военно-морская база в губе Белушья, а в 1944-м — Карская военно-морская база на острове Диксон.

Задачи флотилии выходили далеко за рамки охраны побережья. Беломорцы обеспечивали проводку до Архангельска транспортов из состава внешних конвоев, обороняли Белое море и новоземельские проливы, осуществляли войсковые переброски по внутренним морским коммуникациям.

За время войны БВФ обеспечила проводку более 2500 транспортных судов, осуществила минные постановки в Горле Белого моря и несла дозорную службу. В зоне ответственности флотилии прошло около 700 союзных транспортов, доставивших два миллиона тонн грузов — почти половину всего импорта, принятого через северные порты СССР.

Беломорская военная флотилия была расформирована в апреле 1945 года, выполнив свою задачу по защите арктических рубежей и обеспечению жизненно важных морских коммуникаций в годы Великой Отечественной войны.